A mon sens, il y a une différence entre le fondamentalisme et l'intégrisme.
Le fondamentalisme c'est aller au fondement des choses, ne pas être superficiel, c'est comprendre le pourquoi de la chose, c'est conceptualiser les choses et leur donner un sens logique. C'est un peu le sens qui est donné quand on parle de physique fondamentale par opposition aux sciences physiques appliquées. Les math sont l'exemple le plus frappant de ce qu'on peut appeler le fondamentalisme.
L'intégrisme est lié à la notion d'extrémisme. C'est l'application intégrale d'un principe sans modération. Il porte en lui un bornage par rapport à l'autre qui est différent. C'est se fermer dans un carcan et oublier tout le reste. D'ailleurs une bonne partie des extrémistes n'est pas fondamentaliste puisqu'ils n'ont même pas le niveau de l'avoir.
L'orthodoxie quant à elle est un concept à part. Je rejoins la définition de Wikipedia :
"Le terme « orthodoxe », au sens littéral, signifie « qui pense dans la bonne voie ». Il est destiné à tracer une frontière entre d'un côté ce qui est « droit », conforme, et de l'autre côté l'hétérodoxie, autrement dit ce qui diverge de cette rectitude.". C'est un courant tout simplement.